南岛语族的起源与扩散问题在语言学、考古学等相关领域一直是个具有争议性的重大理论问题。语言和基因演变的相关性，是语言学和分子人类学的研究领域之一。本文从理论、方法以及材料的角度，梳理了历史语言学视角下南岛语族起源与扩散问题的不同假说，并评述了前人时贤的研究成果及局限性。并在此基础上尝试从跨学科协作角度，结合遗传学、分子人类学最新的研究成果，提出对南岛语族起源与扩散问题的新思考。侗台−南岛语人群的先民可追溯到大陆华南地区，在距今5000−6000年前，开始对外迁移与扩散，其中一支向东迁徙至台湾，经菲律宾、印度尼西亚东部后扩散至远大洋洲，产生了早期Lapita文化；另一支向西，经由中南半岛、东南亚岛屿走廊后迁徙至印度尼西亚东部。现今的东南亚诸多族群是以上两组人群与操巴布亚语的土著人群混合而成的。而留在华南地区的演化为侗台语族等，侗台人群又与南下的北方汉族混合形成了南方汉族。