清末四川基层书院正处于发展兴盛之期，就面临改革的命运。新政初期地方官对此大都观望敷衍，一些场镇还以为官府要倡兴书院。随后朝廷从变通书院转向舍弃书院方式，并用划一章程来规制办学。但遵章办事尚未形成习惯，对书院如何改办，地方上仍自有主张，且钦定、奏定章程从名词素语到办学方式几乎是全新事物，一些地方对改办学堂手足无措。科举将停罢的消息，在较大程度上推进了书院改办学堂，但一些地方要待到废科举后才真正认真落实。此后在官府的压力下，学堂更具形式，而民间总试图保留某些书院色彩。到筹备立宪阶段，一些地方甚至请求裁撤由书院改办而来的学堂。清末书院改办学堂，主要因外来标准成为庙堂上“正确”的准绳。这一改革过程，充满官府与民间的分歧，亦可从一个侧面揭示清末俗与制、上与下、新与旧之间关系的变化。