产业组织理论（产业经济学）作为应用经济学一个重要分支，往往都是以新古典方法为出发点的。从交易成本理论角度探讨政府反垄断规制的比较制度分析框架与政策创新取向，可以确立产业组织经济学的制度转向。传统反垄断规制主要依据新古典经济学完全竞争市场均衡模型，考虑垄断、战略行为、外部性、公共产品和信息不对称等市场失灵因素，这既构成哈佛学派政府反垄断规制的理论基础，同时也是芝加哥学派与之争论的重要方面。通过重新审视新古典市场失灵理论和博弈理论，发现在不存在交易成本或完全信息的情况下，这些所谓的市场失灵构成了政府反垄断规制的充分条件。一旦考虑交易成本和有限理性的真实世界，市场结构不再中性，而是更加贴近真实的市场经济运行，市场失灵不再是政府反垄断规制的充分条件。这不仅为产业组织经济学的制度转向奠定新的微观基础，也为政府反垄断规制提供一种新的比较制度分析指导原则，关键在于降低交易成本和信息成本，促进动态公平竞争，打破市场与政府的简单两分法，这对于构建高水平社会主义市场经济体制过程中，处理好市场竞争机制、治理结构与政府反垄断规制之间的关系具有重要的启示意义。